تَعمَّد في كنيسة سيّدة الحبشيّة في 21 شباط 1875 تحت اسم طنّوس، وتَعلّم في مَدرسة مار فرنسيس للآباء الكبوشيين في غزير، ثمّ انتقل إلى مدرسة المزار – أيضًا في غزير، ليلتحق فيما بعد بمدرسة الحِكمة في بيروت، مُتخرّجًا مِنها سنة 1891.
دخل دير مار انطونيوس البادواني - خَشْبَو في 25 اب 1893، متخذاً اسم يعقوب وقاطعًا على الرب عهدًا بالارتباط الأبدي به: "لقد دخلت حيًا، و لن أخرج إلاّ ميتاً".
رُسِم كاهنًا في الأوّل من تشرين الثّاني 1901.
عُيّن سنة 1905 مديرًا لمدارس الآباء الكبّوشيّين في لبنان، فاستَحدَثَ فِكرَة إنشاء مَدارِس صَغيرة ناهز عددُها 230 مدرسة...
أنشأ رهبنة مار فرنسيس للعلمانيين في لبنان سنة 1908.
باشَر بِبناء دير الصّليب سنة 1921.
شيّد كنيسة سيّدة البَحر لتَجمُّع رهبنة مار فرنسيس للعِلمانيّين ودشّنها في 3 أيّار 1923.
رَفَع صليبًا على تلَّة في جل الدّيب سنة 1923.
إستقبل في دير الصّليب أوّل كاهن وجده مهملًا في 4 تشرين الأوّل 1926
في العام 1930 أسَّسَ جمعيّة راهبات الصّليب، للعناية بالكهنة والعُجّز والمرضى والمقعدين والبؤساء وكلّ مَن لا سند له.
عام ١٩٥٠ بدأ بناء دير يسوع الملك. وفي ٢٨ تشرين الأوّل ١٩٥١ تمَّ تدشينه.
تُوُفّي في 26 حزيران 1954.
أعلنه قداسة البابا يوحنّا بولس الثّاني مكرّمًا سنة 1992.
أعلنه قداسة البابا بنديكتس السّادس عشر طوباويًّا في لبنان سنة 2008، للمرّة الأولى خارج حاضرة الفاتيكان.
إنتقلت مُلكيَّة بَيت أبونا يعقوب الوالديّ في العام 2003، الى جَمعيَّة راهبات الصّليب التي أسّسها الطّوباويّ على حياته، فَرمَّمَت البيت مُحافظةً على طابَعِه اللّبنانيّ، وجعلت منه مكانًا مخصّصًا للزّوّار.
أُدرِجَ بيت أبونا يعقوب على خارطة السياحة الدينية في العام 2024