قامت كنيسة القديس يوحنّا مُرقص على أنقاضِ هيكلٍ وثني، وتَهَدَّمَت إثر زِلزال دَمَّر المدينة في العام 555. ومع وصول الصليبيين إلى الساحل اللبناني ودخولِهم مدينة جبيل في العام 1104، باشروا ِبتَنظيم الإدارة وإقامة القِلاع والحُصون والأسوار والكنائس... من بَينها كنيسة مار يوحنّا مُرقص، التي تُرَجِّح المراجع أن تاريخ بدء تشييدها يعود إلى سنة 1115، ولكنها تَعَرَّضَت لزِلزال آخر دَمَّرَها جزئياً سنة1170، فأعاد ترميمَها الصليبيون. يُذكر أن القدّيس مُرقص الرسول، حَمل اسمين: يوحنّا وهو اسم عِبري، ويعني "يهوه حنان"، ومُرقص وهو اسم روماني يعني "مَطرقة"، وهو ابن عم الرسول برنابا أو ابن أخته. وقد تَرَدَّدَ اسمه كثيرًا في سفر الأعمال والرسائل
في العام 1302، سَقَطت مدينة جبيل تحتَ سَيطرة المَماليك وبقيت ِتلكَ الفترة قاتمةً وغامضة...وتلاها الحُكم العثماني في القرن السابع عشر حيثُ حُوِّلت الكنيسة الى إسطبل
في القرن الثامن عشر (1764)، سَلَّم الأمير يوسف شهاب الرهبنة المارونية، وَقفيّة خرائب كنائس مدينة جبيل (مار يوحنّا مُرقص، سيّدة ماريتيم، سيدة البوابة… )، فَعَمدَت الرهبنة إلى ترميم كنيسة القديس يوحنّا مُرقص في العام 1776، كما تُشير اللوحة الرُخامية المُثبتة فوق المدخل الشمالي للكنيسة، وهي بالكرشوني، حيث نقرأ: "قد تَجَدَّد تشييد هذا الهيكل المُبارك في أيّام الحَبر الأعظم البابا بيّوس السادس، أيّام قُدس البطريرك يوسف إسطفان، وبهِمَّة ومُساعدة الشيخ سعد الخوري، وبعناية ربانية، ورهبنة لبنانية، وطائفة مارونية، تَمَّ سنة 1776". ثُمَّ أُعيد تَرميمها في العام1840، بَعدَما قَصَفها الأسطول البريطاني، إبّان الحرب ضد إبراهيم باشا.
وفي العام 1857، أُعيد جَرس الكنيسة الى قبته، بعد أن سَمح السُلطان العُثماني بإعادة الأجراس الى الكنائس. وفي العام 1947 تم بناء قبة جديدة للجرس
الكنيسة تَضُّمُ لوحات زيتية: واحدة تُمَثّل القديس يوحنّا مارون، أول بطريرك للطائفة المارونية والقديس يوحنّا مُرقص أسقف جبيل تتوسطهما السيّدة العذراء، تعود الى العام 1937، ولوحة ثانية تُمَثّل أيضاً القديس يوحنّا مارون والقديس يوحنّا مُرقص.
Location: https://goo.gl/maps/4pMNKevJe2D8gSGy8